虽然采取了研究生试点收费，但从三校的研究生招生章程中可以看到，各所学校的奖助学金非常丰厚。复旦的博士生奖学金覆盖面为100%，硕士生奖学金覆盖面不低于90%，除此之外，所有研究生都可申请助学金。交大80%的硕士研究生在入学当年可以获得“全免”或“半免”的奖助学金，“全免”为免除每年9800元的全部学费，“半免”为免除每年4900元的半额学费，符合资助条件的硕士研究生还都能获得每月240元的基本助学金。

　　同济大学的招生简章中则明确：博士研究生每学年学费1.18万元，硕士研究生每学年学费1万元。其中全日制博士研究生全额资助学费。助学金资助采取导师责任制，每位博士研究生由导师资助的助学金上限不超过1.5万元/学年。硕士研究生则可获得不同等级的学业奖学金资助，对采用助研岗位资助的硕士研究生，导师需要资助每个岗位0.1万/学年，由学校配套0.3万/学年。导师可在此基础上追加资助，每位硕士研究生由导师资助的助学金上限不超过0.8万/学年。

　　据悉，实行这一收费改革的目的，是为了促进研究生培养水平提高，不追求数量，保证质量。收取研究生学费的收入其实是以奖学金形式全部返回学生，表现越优秀的学生所获取的奖学金越高，这能激发学校导师和优秀研究生的积极性。据介绍，同济实行导师责任制后，无论是博导还是硕导原则上每学年最多就只能招收4名全日制研究生。